廖新波提醒，在取消以药养医后，倘若没有合理的补偿机制，可能会加剧医院的医疗设备竞赛，以致医院依靠大检查、过度治疗来维系生存

将参照试点医院过去几年医院药品收入的年度平均值，按照这个数字的10%设定这家医院的药事服务费的总额度，这部分费用将全部由医保负担

余晖：我估计，转制可能会从一些中小型的公立医院开始，尤其是一些企业办的医院已经开始转制行动，下一步的范围会继续扩大。但也要考虑到，如果采用民营资本入股公立医院的方式，可能会带来一些新问题，譬如入股后，股份化的医院又该如何定义其营利性或非营利性？

“这次医改早已明确是政府主导，国家对试点城市多少会有所投入”，江苏省卫生系统的一位退休官员如此解读：那些财政收入丰厚的大城市，却没当“出头鸟”，比如苏南地区苏州和无锡，其医保筹资水平和支付项目，已经超过了全国医保试点城市镇江。

“那么是中央财政还是地方财政出这笔补偿？”中央财政部门显然无意出，寄希望地方财政，但地方财政能否出得起？进入国家试点的地区是否由中央财政出？“这是公立医院改革方案出台时间一拖再拖的原因之一。”

中国社科院工业经济研究所研究员余晖对中国经济时报记者表示，指导意见比预期要好得多，可以看出相关部门在政策出台前经过了激烈博弈，意见对２００９年公布的医改方案进行了细化，特别强调了对非公立医院的准入管理，允许商业保险机构参与公立医院转制重组等，这在以前从来没有看到。

人力资源和社会保障部医疗保险司司长姚宏解释，在基本医疗保险上，机关及事业单位工作人员和老百姓的参保办法是一样的。异同之处在于，前者在参加了城镇职工基本医疗保险以后，还将享有财政出资建立的公务员医疗补助。

“院长们都不希望被选作试点。”南京市卫生局改革办主任臧继全告诉记者，补偿机制没有明确说法，公立医院都持观望态度

目前各地已形成的共识是，成立一个医管局（或医管中心）专司“办”医院的职能，原有的卫生行政部门则负责“管”医院。